Este libro de Verne narra la historia de un hombre de mar, solitario y anarquista, el Kaw-Djer que surcando los mares cercanos a la punta del continente sudamericano, por las islas que pertenecen a Chile de repente se ve envuelto en un trágico suceso. Un barco con unos 1000 pasajeros a bordo es sorprendido en mitad de un mar embravecido una noche cualquiera con la marea picada, el Kaw-Djer junto a su reciente amigo Karroly lo rescatan y los pasajeros, migrantes en su mayor parte pero que provienen de EEUU terminan fundando una nueva colonia en el istmo final del continente. La historia narra las peripecias que tienen que sufrir los tripulantes del barco junto al Kaw-Djer, Karroly y su hijo Hang en el transcurso de la fundación de esta nueva colonia. Entre medias surgen personajes relevantes como los fieles seguidores del protagonista: Hartlepool o Rhodes, los principales enemigos: Beauval y Dorick los cuales representan dos formas de socialismo (socialismo el primero, anarquismo el segundo) o Patterson. Entre medias aparecen dos niños: Dick y Sand, el primero terminará siendo el sucesor del Kaw-Djer al frente de la colonia y el segundo termina con invalidez en las piernas en una peripecia en la montaña para salvar a Dick de Dorick y sus secuaces.
La colonia se divide en un primer momento en dos ciudades principales, Pueblo Nuevo y Liberia, pero, finalmente, la historia termina centralizando la colonia en Liberia, donde se desarrollará prósperamente con altibajos importantes hasta que finalmente el descubrimiento de una mina de oro en torno a la Isla de Hoste (donde se sitúa la aventura), termina llevando prácticamente a la destrucción de toda la colonia. La historia termina con el Kaw-Djer abandonando la colonia dejándola en manos de Dick tras una última incursión de las tropas chilenas, las cuales pretendían hacerse con el control de toda la isla por causa del oro. El Kaw-Djer se queda solo en la isla de enfrente donde recientemente habían construido un faro sin ningún medio de transporte, ni siquiera la barca que tanto los había ayudado en la construcción de toda la ciudad, el periplo dura unos 10 años aproximadamente.
La obra de Verne, que está publicada póstumamente y fuertemente modificada por su hijo, Michael Verne, consiste en una exploración literaria de las ideas utópicas del anarquismo en auge en esos momentos (hacia 1909). Se pretende demostrar, desde la óptica de sus escritores, cómo el anarquismo libertario ("Ni Dios, ni amo") no tiene un sentido práctico y solamente consiste en una mera quimera formal y narrativa que no puede llevarse a cabo. El protagonista es un lobo solitario del mar, procedente y auto-excluido de una familia aristócrata que tiene una fe inquebrantable en la autogestión y autogobierno de las sociedades. En la obra puede verse de un modo ciertamente torticero por parte de Verne, cómo cada vez que el KD trata de ceder el gobierno a la buena voluntad espontánea de los colonos, entre estos, y debido a sus diferencias de caracteres, procedencia y capital cultural, terminan apareciendo personajes antagonistas que tratan de subvertir el poder para adueñarse del control de toda la sociedad e imponer sus egoísmos. A lo que continuamente el KD tiene que terminar imponiéndose cual tirano gobernando de una forma autócrata. Sus fieles seguidores y consejeros en los que confía le advierten continuamente de los peligros de la libertad sin estructura ni organización debido a la incultura, la maldad y el egoísmo innato de los hombres, pero el protagonista hace oídos sordos continuamente aferrado ciegamente a sus ideas, que se ven fracasadas a cada página. Todos los éxitos que acapara se basan en el fuerte liderazgo que impone contrario a sus convicciones. Finalmente la guinda de todo es que derrotado en lo ideológico termina lléndose él mismo voluntariamente dejando un sucesor de esta estructura que tanto aborrece, el joven Dick, bajo el único pretexto de que es un "alma de buen corazón", porque para él lo más y único importante para vivir en sociedad es tener una fuerte inclinación ética.
Es una novela dirigida desde un primer momento que incurre en cierto modo en la falacia del hombre de paja, porque no enfrenta de forma directa los problemas del anarquismo práctico, sino que lo ningunea y ridiculiza en su protagonista como un líder mesiánico casi crístico, que aunque se demuestra el mejor de todos los líderes, a modo de un Moises improvisado, es la terquedad encarnada y la falta de cualquier capacidad mínimamente autocrítica y reflexiva sobre sus apriorismos.
Por otro lado, pone énfasis en ideas como la de "el hombre es un lobo para el hombre" de Hobbes, pues los colonos son en su mayor parte lobos acaparadores que solo persiguen su propia satisfacción personal y familiar y para ello no tienen escrúpulos en usar a los demás o servirse de las nacientes instituciones coloniales. También se defiende con ahínco el concepto de propiedad privada Lockiano como medio insustituible de pacificación, ya que hasta que el gobierno no otorga los derechos "naturales" de propiedad sobre "lo trabajado" no hay garantías mínimas de paz ni de prosperidad. Se puede decir que Verne como acalorado ilustrado termina criticando desde la propia Ilustración los "excesos" de ésta personificados en el anarquismo libertario socialista, pues este nuevo hombre que defiende Verne, necesita de cualquier manera el freno que impone la historia de los pueblos, y dicho freno no es otro que el de una estructura social jerárquica, con monopolio del poder, donde las instituciones se encuentran por encima de las personas, ya que son en última instancia los garantes de continuidad de la propia sociedad en la que se encuentran. Y sólo por medio de estas, así como de un fuerte liderazgo, a veces incluso muy autoritario, los egoísmos propios del hombre son aplacados en beneficio de la comunidad, hay una "hoja" gubernamental que "enrasa" a todos sus ciudadanos para que ninguno sobresalga ni por encima (egoístas inteligentes), ni por debajo (catetos que no saben ganarse el pan). En este sentido, Los náufragos del Jonathan constituye una apología de un estado socialista muy tiránico en ciertos momentos que aborrece la democracia directa por cuestiones de practicidad, y que defiende que no hay libertad fuera de los límites que marca la sociedad. Todo dentro de la sociedad y nada fuera de ésta. Dentro la paz, la razón y la concordia, fuera el egoísmo exacerbado, la sinrazón, la sangre y lo salvaje.
En conclusión, es una obra ilustrada que viene a defender el status-quo político y que considera que toda experimentación social concluye antes o después en la arbitrariedad del más fuerte.
